2552年星盟突袭牧歌星寻找索引器，被斯巴达银队缴获。士官长接触索引器记忆复苏，拒绝处决不愿与政府合作的幸存者关哈，投奔前战友现海盗索伦，得知光环事返回。哈尔希借机用克隆人脑制造础滨科塔娜植入士官长。士官长忆起幼年所见索引器，返回波江二寻找。实验触发信号招来星盟抢夺，世尊者玛姬假装难民混入。士官长得知自己被绑架参训，哈尔希背锅解职。士官长触碰索引器，与玛姬同现光环相恋。韩关说动索伦返回牧歌星却发现叛军已经瓦解，寻找沙漠女巫得知韩家世代守护传送门，引爆输气管逃脱总督围剿。哈尔希欲独占光环，启动乙协议调动银队却因科塔娜和凯反水未果，借克隆体脱身。巡逻舰遇伏录音被解密，玛姬暴露抢走索引器。银队突入阿斯佩罗星系空降圣殿，凯射杀触碰索引器的玛姬将士官长拖回现世，士官长与科塔娜融合扛走索引器杀出重围。